Remember the superimposed Eiffel tower? I liked how the people and the not-quite-matching lines from the different shots made the pictures so dynamic. And you can do something similar with protein structures — use multiple superimposed structures of the same protein (or very similar) to show which regions are flexible, and which are more constrained or rigid:
Erinnert Ihr Euch an die übereinandergelegten Bilder vom Eiffelturm? Ich fand es toll, wie die Menschen und die nicht-ganz-zusammenpassenden Linien, die in einigen, aber nicht in allen Aufnahmen vorkamen, die kombinierten Bilder so dynamisch machten. Mit Proteinstrukturen kann man etwas ähnliches machen — durch mehrere übereinandergelegte Strukturen des gleichen Proteins (oder auch sehr ähnlicher Proteine) zeigen, welche Bereiche flexibel sind, und welche in ihrer Beweglichkeit eingeschränkt sind:
This structure was solved by NMR, which often directly provides multiple structures (or conformations) of a protein. The colors range from blue at the N-terminus (“beginning”) to red at the C-terminus (“end”) — nitrogen is usually shown in blue in molecular models, and oxygen (in the COOH group at the C-terminus) in red. This coloring makes it easier to associate parts of the sequence with the corresponding element of the structure; however it doesn’t reveal the chemical properties of the individual amino acids. The picture was created with PyMol.
Diese Struktur wurde mit NMR oder Kernspinresonanzspektroskopie gelöst, wodurch man oft gleich mehrere Strukturen, oder Konformationen, des Proteins bekommt. Die Farben gehen von blau am N-Terminus (“Anfang”) in rot am C-Terminus (“Ende”) über — Stickstoff (N) wird üblicherweise in Molekülstrukturen blau dargestellt und Sauerstoff (O, in der COOH-Gruppe am C-Terminus) rot. Mit dieser Einfärbung kann man Teile der Sequenz leicht den entsprechenden Teilen der Struktur zuordnen, allerdings gibt sie keine Informationen über die chemischen Eigenschaften der einzelnen Aminosäuren. Das Bild habe ich mit PyMol gemacht.
