science

life as a scientist / makro — 6 Comments
23
Jan 12

slipped

I wouldn’t call it stressed, but I have been quite busy with all the projects I’m trying to juggle. So when the deadline for the EMBO cover contest came, I simply forgot to submit this picture, even though I had spent some time thinking about the description I’d give it — the usual problem being that I have no idea what kind of flower it is. To refer to the rarely used subtitle of this blog, the macromolecules get a lot more of my attention than the macro photographs. Which isn’t a bad thing, not at all, but as I don’t write much about the former here it means there’s little to blog about.
Ich würde es nicht gestresst nennen, aber ich bin doch recht beschäftigt mit den diversen Projekten, die ich gleichzeitig in der Luft zu halten versuche. Als dann die Deadline für den EMBO cover contest näherrückte, habe ich einfach vergessen, untenstehendes Bild mit abzuschicken, obwohl ich eine ganze Weile über die Beschreibung nachgedacht hatte (mit dem üblichen Problem, dass ich nicht weiß, was für eine Blume das eigentlich ist). Um auf den Untertitel des Blogs zu verweisen — den Makromolekülen schenke ich wesentlich mehr Aufmerksamkeit als der Makrofotografie. Was an sich nichts schlechtes ist, überhaupt nicht, aber da ich hier nicht viel über erstere schreibe, gibt es nicht viel neues für den Blog.

DSC_0204

growing up to be a scientist — No Comments
7
Dec 11

still true

Still working on it — it’s fun, but it is a lot of work. I can reassure you though that no sharks were harmed in the process [so far]. (You may need to read until the last picture of the comic for this to make any sense.)

Ich arbeite noch daran — es macht Spaß, ist aber auch ganz schön viel Arbeit. Allerdings kann ich Euch beruhigen, bisher kamen dabei keine Haie zu Schaden. (Ihr müsst evtl. bis zum letzten Bild des Comics lesen, um das hier zu verstehen.)

life as a scientist / makro / nature / travelling — 2 Comments
17
Oct 11

we interrupt the regularly scheduled silence…

… to let you know that I’m still here. Doing well. Happy, actually, just really busy, mostly with work. So much that, when my new yoga magazine came with a title like “calm amidst chaos” I thought that was quite timely. (It’s not all that bad, it just feels like that sometimes when I come home exhausted.)

Wir unterbrechen die reguläre Stille auf diesem Blog, um Euch mitzuteilen, dass ich noch da bin und es mir gut geht, ich nur ganz schön viel zu tun habe. So viel, dass ich, als meine neue Yoga-Zeitschrift kam mit einem Titel a la “Ruhe im Chaos”, das doch sehr passend fand. (Eigentlich ist es gar nicht soo schlimm, es kommt einem nur so vor, wenn man total k.o. nach hause kommt.)

blooming thistle

Blooming thistle on a mountain in Washington state, near Lake Valhalla.
Blühende Distel auf einem Berg im Staat Washington, auf dem Weg zu Lake Valhalla.

life as a scientist / transatlantic — 6 Comments
30
Aug 11

random birthday notes

violet flower

  • I was in the US when I turned 21, in a different state though, and really glad to be finally allowed to even enter a bar — here they don’t seem to be so serious about it, or I look old enough after all
  • The previous weekend, I pointed out to R that we still didn’t have tea lights to lay out the number, as we usually do in my family — but caught myself just in time before saying “25″.
  • My new favorite grocery store states that you need an ID to purchase alcohol if you “look under 30″. Which apparently I still do, at least sometimes ;)
  • This was the first birthday in several years which didn’t have me in the kitchen at midnight, preparing the cake I’d bring to the lab — not because there won’t be cake but because someone else is taking care of that (I’ll bring cake for their birthday then, it’s all fair — but it was kind of nice to drink sparkling wine instead of kneading dough or cutting fruits)
  • One of my presents will come in handy for that cake making :)
  • The flower isn’t from my birthday though, but from the first conference I went to for my new post-doc, in a beautiful location (and we still spent much of the time inside listening to talks).

  • Ich war in den USA, als ich 21 wurde, allerdings in einem anderen Staat — und froh, dass ich dann immerhin in eine Bar reindurfte (hier scheinen sie das nicht so eng zu sehen, oder ich sehe inzwischen alt genug aus)
  • Voriges Wochenende wollte ich R sagen, dass wir immer noch keine Teelichter haben, um die Zahl zu legen, wie das bei uns in der Familie üblich ist — konnte mich aber gerade noch rechtzeitig unterbrechen, bevor ich “25″ sagte.
  • Mein neuer Lieblingsladen sagt, man brauche einen Ausweis, um Alkohol zu kaufen, wenn man “so aussähe, als sei man unter 30″ (was auf deutsch irgendwie eine schwierige Konstruktion ist — “look under 30″ ist viel kompakter). Was offenbar immer noch zutrifft, zumindest manchmal ;)
  • Dies war der erste Geburtstag seit längerem, an dem ich nicht um Mitternacht in der Küche stand, um den Kuchen für’s Lab zu machen — nicht, weil es keinen Kuchen geben wird, sondern weil jemand anders ihn mitbringt (ich mache dann Kuchen für ihren Geburtstag — aber es war schon nett, Sekt zu trinken anstatt Teig zu kneten)
  • Eines meiner Geschenke sollte sich beim Kuchenbacken als sehr praktisch erweisen :)
  • Die Blume ist allerdings nicht von meinem Geburstag, sondern von der ersten Konferenz, bei der ich von meiner neuen Position aus war und die in einer wunderschönen Gegend stattfand (und trotzdem waren wir meistens drinnen und haben uns Vorträge angehört)
life as a scientist — No Comments
31
Jul 11

Precision vs. perfectionism

This came from a yoga article, but it might apply to science as well:

Precision is about process. Perfectionism occurs when you believe the myth that there is an endpoint in your yoga practice.

Dies habe ich in einem Yoga-Artikel gelesen, aber es könnte auch gut zur Forschung passen:

Bei Genauigkeit geht es um den [Bewegungs]Ablauf. Beim Perfektionismus glaubt man an den Mythos, es gäbe einen Endpunkt im Yoga-Training.

random bits of science — 3 Comments
12
Apr 11

Works with proteins, too

Remember the superimposed Eiffel tower? I liked how the people and the not-quite-matching lines from the different shots made the pictures so dynamic. And you can do something similar with protein structures — use multiple superimposed structures of the same protein (or very similar) to show which regions are flexible, and which are more constrained or rigid:
Erinnert Ihr Euch an die übereinandergelegten Bilder vom Eiffelturm? Ich fand es toll, wie die Menschen und die nicht-ganz-zusammenpassenden Linien, die in einigen, aber nicht in allen Aufnahmen vorkamen, die kombinierten Bilder so dynamisch machten. Mit Proteinstrukturen kann man etwas ähnliches machen — durch mehrere übereinandergelegte Strukturen des gleichen Proteins (oder auch sehr ähnlicher Proteine) zeigen, welche Bereiche flexibel sind, und welche in ihrer Beweglichkeit eingeschränkt sind:

All states of PDB:2l28

This structure was solved by NMR, which often directly provides multiple structures (or conformations) of a protein. The colors range from blue at the N-terminus (“beginning”) to red at the C-terminus (“end”) — nitrogen is usually shown in blue in molecular models, and oxygen (in the COOH group at the C-terminus) in red. This coloring makes it easier to associate parts of the sequence with the corresponding element of the structure; however it doesn’t reveal the chemical properties of the individual amino acids. The picture was created with PyMol.
Diese Struktur wurde mit NMR oder Kernspinresonanzspektroskopie gelöst, wodurch man oft gleich mehrere Strukturen, oder Konformationen, des Proteins bekommt. Die Farben gehen von blau am N-Terminus (“Anfang”) in rot am C-Terminus (“Ende”) über — Stickstoff (N) wird üblicherweise in Molekülstrukturen blau dargestellt und Sauerstoff (O, in der COOH-Gruppe am C-Terminus) rot. Mit dieser Einfärbung kann man Teile der Sequenz leicht den entsprechenden Teilen der Struktur zuordnen, allerdings gibt sie keine Informationen über die chemischen Eigenschaften der einzelnen Aminosäuren. Das Bild habe ich mit PyMol gemacht.

going abroad / life as a scientist — 2 Comments
31
Mar 11

Advanced Mathematics


1 thesis to write
1 international move

2 scientists
2 jobs (yay!)

4 weeks to go (which is 2x2 weeks)

k projects to finish
l friends to say goodbye to
m boxes to pack
n items to sell or give away
o forms to fill out
p contracts to cancel here
q new contracts to set up

For extra credit: the amount of chocolate I buy on an average grocery shopping trip is proportional to which of these?

1 Doktorarbeit zu schreiben
1 internationaler Umzug

2 Wissenschaftler
2 Jobs (!)

noch 4 Wochen (was 2x2 Wochen sind)

k Projekte fertigzumachen
l Freunde zu verabschieden
m Kisten zu packen
n Dinge zu verkaufen und verschenken
o Formulare auszufüllen
p Verträge vor Ort aufzulösen
q neue Verträge dort abzuschließen

Zusatzfrage: die Menge an Schokolade, die ich bei einem durschnittlichen Einkauf mitbringe, korreliert mit welcher dieser Variablen?

life as a scientist / photography — 1 Comment
21
Mar 11

sparkly

Though the state of the world didn’t give much reason to celebrate last week (I find it so weird that things just seems to go on, despite those tragedies), we had cava in the group meeting because of a recently accepted paper. And only after I had had some I was asked to summarize the work for the others… but I think I managed to do it reasonably well nevertheless.
Auch wenn die Welt in der letzten Woche nicht gerade viel Grund zum Feiern bot (ich finde es so eigenartig, dass die Dinge einfach weiterzugehen scheinen, trotz dieser Tragödien) gab es bei unserem letzten group meeting Cava, um einen kürzlich akzeptierten Artikel zu feiern. Und erst, nachdem ich schon was davon getrunken hatte, wurde ich gebeten, die Arbeit doch mal kurz für die anderen zusammenzufassen… Was ich aber trotzdem ganz brauchbar hinbekommen habe.

many lights

Lately I have fallen for black-and-white pictures, which feels odd for someone who loves colors as much as I do, but I find that several of my photos simply look better in bw. This particular subject (can you guess what it is?) got completely out of focus as I was exploring the effects of my then-new fisheye optic for the Lensbaby. Quite different in style are the 5 photos of mine that were ranked in the top 500 in the EMBO Journal Cover Contest. Another small thing to celebrate.
In letzter Zeit gefallen mir Schwarzweißbilder immer besser, was etwas seltsam ist für jemanden, der Farben so sehr liebt wie ich. Und doch sehen einige meiner Fotos so einfach besser aus. Hier hatte ich gerade mein (damals neues) Fisheye-Objektiv für das Lensbaby ausprobiert und alles unscharf werden lassen (kann jemand raten, wo ich war?) Ziemlich anders sind dagegen die 5 meiner Bilder, die beim EMBO Journal Cover Contest in die top 500 gekommen sind. Noch ein kleiner Grund zum Feiern.

nature / random bits of science — 1 Comment
10
Feb 11

I got it all wrong

After my butterfly identification guesswork I emailed the Mainau staff to ask if they could help me. They kindly did, informing me that I had photographed Heliconius butterflies:
Nach meinem fröhlichen Schmetterlingsraten schrieb ich an die Mitarbeiter in Mainau, um zu fragen, ob sie mir bei der Identifikation behilflich sein könnten. Sie waren so nett, und nun weiß ich, dass ich Heliconius- oder Passionsblumenfalter fotografiert habe:

Heliconius another Postman (Heliconius) butterfly

Thanks to Wikipedia I also learned that Heliconius butterflies present an interesting example of convergent evolution — there are several poisonous subspecies, and their wings have similar warning patterns in local populations across subspecies, but different patterns between geographic regions (here’s a map). This is also called Müllerian mimicry (although there is some discussion as to whether this really is mimicry, because neither species is harmless). The advantage is that predators learn from both species to avoid this pattern. Cool, huh?
Dank Wikipedia habe ich dann auch gelernt, dass Passionsblumenfalter ein interessantes Beispiel für konvergente Evolution sind — es gibt verschiedene giftige Unterarten, und sie haben in lokalen Populationen die gleichen Warnmuster auf den Flügeln, unterscheiden sich aber zwischen verschiedenen geographischen Regionen (hier eine Karte). Das nennt sich auch Müllersche Mimikry (obwohl diskutiert wird, ob das wirklich Mimikry ist, weil ja keine der beiden Arten harmlos ist) — der Vorteil ist, dass Räuber von beiden Arten lernen, Schmetterlinge mit diesem Muster zu meiden. Faszinierend, nicht?

growing up to be a scientist — 2 Comments
2
Feb 11

still writing

writing bw
Even more important now. For those in the same boat, you might find this recent post from EGF on self-promotion interesting. And, depending on your field, the most recent edition of Ten Simple Rules.
Immer noch beim Schreiben. Was jetzt noch wichtiger geworden ist. Falls Ihr auch gerade an sowas arbeitet, könnte dieser neue Eintrag von EGF über self-promotion (wozu mir interessanterweise kein deutsches Wort einfällt) interessant sein. Und, je nach Fachgebiet, die neueste Version der Ten Simple Rules.

The picture is the same as before, transformed to black and white. I think I like it better this way. And, because there is another deadline coming up, I will post a few candidates soon — and would be happy about any feedback from you!
Das Bild oben ist das gleiche wie letztes Mal, nur in schwarz-weiß. Ich glaube, so gefällt es mir besser. Und, weil bald noch eine deadline ansteht, werde ich demnächst ein paar Kandidaten zeigen — und freue mich über Eure Kommentare dazu!

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